生物序列的相似性搜索-文庫吧資料
2024-10-13 15:47本頁面
【正文】 t,blastclust等 ) 41 Blast2 兩個序列的 blast比對，給定兩個序列，相互進(jìn)行 blast比對。 單機(jī)版的 Blast程序包，把基本的 blast分析，包括 blastn， blastp， blastx等都整合到了blastall一個程序里面。 () 命令是 : $ tar zxvf 單機(jī)版的 Blast使用（二） 35 Blast數(shù)據(jù)庫 ncbi下載 Blast程序包提供的 formatdb工具自己格 式化序列數(shù)據(jù)成數(shù)據(jù)庫。 。 我們選上 27 分析過程（三） ，我們限制在病毒里面找。 24 具體步驟 blast主頁 ，選擇合適的程序 25 分析過程（一） ncbi的 blast主頁 ，因?yàn)椴樵冃蛄惺堑鞍仔蛄锌梢赃x擇 blastp，點(diǎn)擊進(jìn)入 也可以選擇 tblastn 作為演示， 我們這里選 blastp 26 分析過程（二） （ copy＋ paste） Fasta格式，或者純序列 ，這里我們要搜索整個序列，不填 ，這里我們選 nr(非冗余的蛋白序列庫 )。單機(jī)版的優(yōu)點(diǎn)是可以處理大批的數(shù)據(jù)，可以自己定義數(shù)據(jù)庫，但是需要耗費(fèi)本地機(jī)的大量資源，此外操作也沒有網(wǎng)絡(luò)版直觀、方便，需要一定的計算機(jī)操作水平。 14 ?單機(jī)版 單機(jī)版的 blast可以通過 NCBI的 ftp站點(diǎn)獲得，有適合不同平臺的版本（包括 linux， dos等）。網(wǎng)絡(luò)版本的 blast服務(wù)就有方便，容易操作，數(shù)據(jù)庫同步更新等優(yōu)點(diǎn)。 … 這些信息都可以應(yīng)用到后續(xù)分析中。 TBlastx 核酸 核酸 核酸序列 6框翻譯成蛋白質(zhì)序列，再和核酸數(shù)據(jù)庫中的核酸序列 6框翻譯成的蛋白質(zhì)序列逐一進(jìn)行比對。 Blast簡介（二） 9 主要的 blast程序 程序名 查詢序列 數(shù)據(jù)庫 搜索方法 Blastn 核酸 核酸 核酸序列搜索逐一核酸數(shù)據(jù)庫中的序列 Blastp 蛋白質(zhì) 蛋白質(zhì) 蛋白質(zhì)序列搜索逐一蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中的序列 Blastx 核酸 蛋白質(zhì) 核酸序列 6框翻譯成蛋白質(zhì)序列后和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中的序列逐一搜索。比如說查詢的序列為核酸，查詢數(shù)據(jù)庫亦為核酸序列數(shù)據(jù)庫，那么就應(yīng)該選擇blastn程序。 BLAST是“局部相似性基本查詢工具” (Basic Local Alignment Search Tool)的 縮寫。完成這一工作必須使用多序列比較算法 。常用的程序包有 BLAST、 FASTA等； 序列同源性分析： 是將待研究序列加入到一組與之同源 ， 但來自不同物種的序列中進(jìn)行多序列同時比較 ， 以確定該序列與其它序列間的同源性大小 。 6 序列相似性比較和序列同源性分析 序列相似性比較： 就是將待研究序列與 DNA或蛋白質(zhì)序列庫進(jìn)行比較，用于確定該序列的生物屬性，也就是找出與此序列相似的已知序列是什么。 正因?yàn)榇嬖谶@樣的關(guān)系，很多時候?qū)π蛄械南嗨菩院屯葱跃蜎]有做很明顯的區(qū)分，造成經(jīng)常等價混用兩個名詞。而說A和 B的同源性為 80％都是不科學(xué)的。 4 同源性： 指從一些數(shù)據(jù)中推斷出的兩個基因或蛋白質(zhì)序列具而共同祖先的結(jié)論，屬于 質(zhì)的判斷 。這是個量化的關(guān)系。生物序列的相似性搜索 － blast簡介及其應(yīng)用 中山大學(xué)生科院 2022年 9月 2
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