結(jié)構(gòu)基序預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)功能-文庫吧資料
2025-05-21 22:10本頁面
【正文】 sites, elementary motifs were defined as pletelinkage clusters with a cutoff GIRAF score of 15. The GIRAF score is defined as The results of allagainstall parison of binding sites and classifications are made available for download at ? NA and NB分別是 A、 B原子中的結(jié)合位點(diǎn)數(shù)目。 type1 ： based solely on BLAST Evalue cutoff of type2 ： based on sequence identity cutoff of 100% 6. Network structure of metaposite motifs in biological processes 我們把所有的 posite motifs分類組合成 metaposite motifs，更有利于對(duì)蛋白質(zhì)功能進(jìn)行分析而不是最開始簡(jiǎn)單 的預(yù)測(cè)。 因此， posite motif僅僅只能作為整個(gè)生物學(xué)過程中的點(diǎn)。 To characterize the diversity of posite motifs, the average and minimum sequence identities were calculated for pairs of subunits sharing the same posite motifs. 我們通過把檢驗(yàn)得到的兩個(gè)不同的 posite motifs的相似性和最小序列一致性做一個(gè)函數(shù)。我們把這些簇看做 elementary elementary motifs 的集稱為亞基的 posite 兩個(gè)亞基有共同的 elementary motifs 可以推斷他們有共 同的 posite motif。 Kinjo AR, Nakamura H (2021) Similarity search for local protein structures at atomic resolution by exploiting a database management system. Allagainstall structure用 GIRAF結(jié)構(gòu)搜索和排列程序比 對(duì) 410254小分子結(jié)合位點(diǎn)， 346288蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)和 20388核酸結(jié)合位點(diǎn)。然而我們不用已知的基于序列相似性的非冗余數(shù)據(jù)庫，我們的冗余在相似結(jié)構(gòu)聚類之后再清理。 文中思想 為了明確原子水平上蛋白質(zhì)相互作用的模式與其功能的關(guān)系，在這里我們采用一個(gè)非常詳盡的 allagainstall structural parisons of binding site structures at atomic level using all struct
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