序列比較的生物學(xué)基礎(chǔ)(參考版)
2025-01-03 16:05本頁(yè)面
【正文】 謝謝觀看 /歡迎下載 BY FAITH I MEAN A VISION OF GOOD ONE CHERISHES AND THE ENTHUSIASM THAT PUSHES ONE TO SEEK ITS FULFILLMENT REGARDLESS OF OBSTACLES. BY FAITH I BY FAITH 。你甚至可以根據(jù)雜志上發(fā)表的算法 (algorithm)或你自己發(fā)明的算法編寫(xiě)你的程序 (當(dāng)然這比較少，如果你是搞生物學(xué)而非計(jì)算生物學(xué)的，我們也不建議你這樣做 )，或者干脆，現(xiàn)在網(wǎng)絡(luò)上有許多地方提供軟件運(yùn)行，你只需連上去運(yùn)行即可。你可以買(mǎi)一個(gè)商業(yè)的序列分析軟件包，例如 DNA*或MacVector，在你的個(gè)人電腦 (PC)或 Mcintosh上運(yùn)行。所以，現(xiàn)在有很多不同的計(jì)算機(jī)程序用于序列比較。另外，比較時(shí)除了有一些替代 (如 G被 A替代 )，還有插入和缺失的出現(xiàn)。可是，序列比較并不象想的那么容易。 序列分析可以做些什么？ ?序列排比，推導(dǎo)進(jìn)化樹(shù)、結(jié)構(gòu)、功能。 序列分析可以做些什么？ ?序列排比，推導(dǎo)進(jìn)化樹(shù)、結(jié)構(gòu)、功能。因此，我們只能把它們用于從數(shù)據(jù)庫(kù)中找出一小批序列，作為進(jìn)一步分析之用，而不是作為最終的結(jié)果。很可能一些相似度不太高但相關(guān)的序列會(huì)被忽略掉。為了能快速的完成這一工作，人們已經(jīng)編出了許多計(jì)算機(jī)程序，我們將在以后討論其中的兩個(gè)： BLAST和 FASTA。 序列分析可以做些什么？ ?從數(shù)據(jù)庫(kù)中查找相似序列。這些數(shù)據(jù)庫(kù)不斷的相互交流數(shù)據(jù)，使各數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)保持一致。今天的國(guó)際互聯(lián)網(wǎng)上已經(jīng)有人很成功的將所有已經(jīng)測(cè)定的序列收集起來(lái)供人查找。 序列分析可以做些什么？ ?從數(shù)據(jù)庫(kù)中查找相似序列。其實(shí)，有許多因素可以用來(lái)幫助推導(dǎo) DNA序列中的蛋白編碼區(qū)，如 偏好密碼子 、代表 DNA中 調(diào)控信號(hào)的特征序列 等等。例如，要找出 DNA序列中那些是 蛋白質(zhì)編碼區(qū) ，如果能預(yù)先知道可能編碼的是什么蛋白質(zhì)，對(duì)找出編碼區(qū)就很有幫助，因?yàn)樗?6個(gè)讀碼框都有可能編碼蛋白質(zhì)。 序列分析可以做些什么？ ? 從 DNA序列推導(dǎo)蛋白質(zhì)一級(jí)序列。 最后，即使已經(jīng)測(cè)定了蛋白質(zhì)的三級(jí)結(jié)構(gòu)，目前還沒(méi)有任何技術(shù)可以從它們的結(jié)構(gòu)推導(dǎo)出其功能特性。后者嘗試測(cè)定最小自由能的結(jié)構(gòu)，這是通過(guò) MonteCarlo方法或 Neural Net軟件來(lái)實(shí)現(xiàn)。這種方式工作量大但卻很成功。 目前對(duì)蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行推導(dǎo)的研究主要基于以下兩點(diǎn)：同源性和最小自由能。顯然，如果能夠從一級(jí)結(jié)構(gòu)推導(dǎo)出三級(jí)結(jié)構(gòu)，甚至功能，將引起醫(yī)學(xué)、藥理學(xué)、化學(xué)以及生態(tài)學(xué)的偉大變革。只有完全正確折疊的蛋白質(zhì)才有活性； 其次，通過(guò)實(shí)驗(yàn)的方法測(cè)定蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)極端困難。 首先，蛋白質(zhì)的功能絕對(duì)取決于它的結(jié)構(gòu)。 序列分析的困難 ?為什么結(jié)構(gòu)命名如此復(fù)雜？ 為什么要對(duì)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)作如此復(fù)雜的命名呢？因?yàn)閷?duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的理解實(shí)在是太重要又太困難了。當(dāng)我們看一個(gè)真實(shí)的多肽鏈時(shí)，其最終的形狀是由二級(jí)結(jié)構(gòu)的特征、也許有超二級(jí)結(jié)構(gòu)的特征、加上一些隨機(jī)的形態(tài)構(gòu)造所一起形成的，這一整體結(jié)構(gòu)被稱(chēng)為三級(jí)結(jié)構(gòu)。 上面描述的肽鏈環(huán)繞形成 a螺旋和前后折疊形成 b片層都屬于簡(jiǎn)單和規(guī)則的結(jié)構(gòu)，還有一些比較復(fù)雜的結(jié)構(gòu)，其中之一的是在許多轉(zhuǎn)錄因子中發(fā)現(xiàn)的螺懸 環(huán) 螺旋模體 (helixloophelix motif)。也有一些多肽根本不形成這種規(guī)則結(jié)構(gòu)，事實(shí)上，大多數(shù)較長(zhǎng)的多肽鏈在不同區(qū)域折疊成不同的二級(jí)結(jié)構(gòu)。其中之一是螺旋，被稱(chēng)為 a螺旋 (alpha helix)；另一種形狀是多肽鏈來(lái)回折疊所產(chǎn)生的片狀面，這個(gè)結(jié)構(gòu)被稱(chēng)為 b折疊 (beta sheet)。
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