第六章系統(tǒng)發(fā)生分析(參考版)
2024-08-12 13:25本頁面
【正文】 進化關(guān)系樹如下 SARS病毒明顯不同于同其他三個冠狀病毒群，可能歸屬于新的冠狀病毒群。 SARS病毒基因組 初步分析 SARS病毒基因組與其他冠狀病毒的結(jié)構(gòu)相似。 問題： ? 整棵樹和它的組成部分（分支）的置信度是多少？ ? 這樣得到正確的樹的可能性比隨機選出一棵是正確的樹的可能性大多少？ ? 自舉檢驗 ?參數(shù)檢驗 系統(tǒng)發(fā)生分析中可能存在的問題 ? 序列的選擇 ? 基因的水平轉(zhuǎn)移 ? 不同的序列，不同的結(jié)果 全基因組的系統(tǒng)發(fā)生分析 ? 基于多棵系統(tǒng)發(fā)生樹的方法 ? 基于基因內(nèi)容的方法 ? 基于蛋白質(zhì)折疊結(jié)構(gòu)的方法 ?基于基因次序的方法 ?基于連接的直向同源蛋白的方法 ?基于代謝途徑（ pathway）的方法 ?系統(tǒng)發(fā)生分析常用軟件 (1) PHYLIP (2) PAUP (3) TREEPUZZLE (4) MEGA (5) PAML (6) TreeView (7) VOSTORG (8) Fitch programs (9) Phylo_win (10) ARB (11) DAMBE (12) PAL (13) Bionumerics 其它程序見： ?系統(tǒng)發(fā)生分析實例 ?分析的對象 – 13條來自不同物種的同源蛋白質(zhì) （ 1）多重序列比對 （ 2）構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹 ?根據(jù)序列比對結(jié)果計算序列之間的距離，生成距離矩陣。 0 0 1 1 1 0 0 1 * * * （ a） (b) 具有 4個分類單元的系統(tǒng)發(fā)生樹： (a)相容特征； (b)不相容特征。 相容性方法實際上是簡約方法的一種簡化，在所有的特征都是二值的情況下，這種方法非常有用。 ? 對于給定的一組物種，假設它們的觀察值為 M（ M為向量） ? 選擇一棵樹，使得 P(M|T)最大， 相容性方 法 定義目標函數(shù)考慮的另一方面是相容性(patibility)， 即與一棵樹相一致的特征個數(shù)。應按前序遍歷方式依次處理每個節(jié)點。如果 v有一個父節(jié)點
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