刀片集群在分子對接藥物設(shè)計中的應(yīng)用doc-資料下載頁
2025-07-15 22:26本頁面
【正文】 、易管理等方面更高要求。使用曙光TC2600刀片，可以在7U的空間內(nèi)部署80個處理器核，輕松構(gòu)建大規(guī)模集群系統(tǒng)，滿足分子對接應(yīng)用的并行計算需求；曙光TC2600每個計算刀片板載8個DIMM內(nèi)存槽，可以配置高容量內(nèi)存，滿足分子對接應(yīng)用對內(nèi)存的需求；TC2600刀片的IO設(shè)計保證了每個刀片可以獲得較高的IO性能，適合IO吞吐量較大的分子對接應(yīng)用，有效解決了系統(tǒng)性能瓶頸，保證了整個系統(tǒng)性能的發(fā)揮；. 分子對接應(yīng)用典型配置. 配置表應(yīng)用設(shè)備配置單位數(shù)量備注節(jié)點機曙光TC2600刀片CPU Blade(計算刀片)2*AMD Opteron Barcelona四核處理器 ()；8*GB DDRII ECC Register內(nèi)存；1*73GB SAS熱插拔硬盤；2*千兆以太網(wǎng)網(wǎng)卡；臺60共480個處理器核心，Blade Engine（刀片平臺）刀片柜個6每柜可容納10個刀片內(nèi)部千兆交換模塊個6連接柜內(nèi)10個刀片，并對外提供4個千兆接口，作為管理監(jiān)控網(wǎng)千兆PassThrough模塊個6管理模塊個6含KVMOverIP功能電源模塊個30每刀片柜為4+1冗余電源登陸/管理節(jié)點A620rF2U機架式；2*AMD Opteron 2212雙核（）；4*1GB DDRII 667MHz ECC Register內(nèi)存2*146GB SCSI熱插拔硬盤2*千兆以太網(wǎng)網(wǎng)卡1+1冗余電源臺1IO節(jié)點A620rF2U機架式；2*AMD Opteron 2216雙核（）；16GB DDRII ECC Register內(nèi)存2*146GB SCSI熱插拔硬盤2*千兆以太網(wǎng)網(wǎng)卡1*HBA卡1+1冗余電源臺2存儲系統(tǒng)磁盤陣列曙光磁盤陣列DS2410，24盤位臺1－500G SATAII硬盤塊20機柜系統(tǒng)標準機柜曙光機柜19標準，41U含網(wǎng)絡(luò)布線系統(tǒng)、散熱系統(tǒng)、供電系統(tǒng)、電源保護系統(tǒng)、導軌、托架套2管理/控制系統(tǒng)視頻切換系統(tǒng)SKVMOverIPUSTS與CIM配合使用，支持IP功能臺1－CIM卡機架式服務(wù)器使用，傳輸KVM信號臺3內(nèi)置控制臺曙光1U手動伸縮控制臺包括15’液晶顯示器，鼠標鍵盤，8口控制器套1網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)計算和存儲網(wǎng)絡(luò)48口千兆交換機48個千兆網(wǎng)口臺2管理/監(jiān)控網(wǎng)絡(luò)Dlink 48口千兆交換機48個千兆網(wǎng)口臺1－集群系統(tǒng)軟件Linux操作系統(tǒng)Redhat Enterprise Linux Advanced Server 64位最新穩(wěn)定版本套1－曙光刀片管理軟件Dawning Blade Full View Manager System套1－集群系統(tǒng)軟件(DCOS)曙光集群系統(tǒng)管理軟件(DCMS)套1－曙光集群系統(tǒng)部署軟件(DCIS)套1－并行命令軟件(Mterm)套1－作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)(DPBS/Torque)套1－應(yīng)用開發(fā)環(huán)境GNU C/C++編譯器套1－GNU Fortran77/90編譯器套1－并行環(huán)境OpenMPI套1－MPICH/LamMPI套1－PVM套1－ACML（基于AMD Opteron平臺的高性能數(shù)學庫）套1－LAPACK, ScaLAPACK套1－BLAS、GOTO、Atlas套1－應(yīng)用軟件（曙光公司免費提供，并提供免費技術(shù)支持服務(wù)）DOCK套1AUTODOCK套1. 系統(tǒng)拓撲圖4. 附件：曙光高性能計算機在生物領(lǐng)域的典型用戶用戶名稱安裝時間備 注華大基因中心2套曙光2000，1套曙光300中科院植物所曙光4000中科院武漢病毒研究所曙光4000南京航空航天大學納米實驗室曙光4000德州學院生物信息實驗室曙光4000天津大學化學系生物實驗室曙光4000浙江大學生命科學學院曙光4000復(fù)旦大學生命科學學院曙光4000編寫人員：袁偉n 所學專業(yè)：并行計算和并行系統(tǒng)應(yīng)用n 工作部門：曙光公司技術(shù)支持中心解決方案部n 工作方向：大規(guī)模計算中心、網(wǎng)格、生物計算11 / 11
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