生物工程開題報(bào)告甲殼類動(dòng)物4種過敏原的序列分析、抗原表位預(yù)測(cè)及三維結(jié)構(gòu)建模-資料下載頁
2025-01-21 18:06本頁面
【正文】 利用ProtParam工具進(jìn)行分析這6種蛋白質(zhì)過敏原的理化性質(zhì)。在此我使用ProtScale程序在線分析和和使用生物軟件BioEdit分析其疏水性。在此采用TMHMM判定蛋白是否為膜蛋白，用TMpred準(zhǔn)確預(yù)測(cè)跨膜蛋白的跨膜片段，用TMP采用多序列比對(duì)方式預(yù)測(cè)跨膜區(qū)。在此使用SecretomeP預(yù)測(cè)真核生物中非經(jīng)典類型的和無導(dǎo)肽的分泌蛋白。 Coil區(qū)分析預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)中是否含有卷曲螺旋結(jié)構(gòu)，在此使用COILS Server進(jìn)行分析。亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)的過程包括以下幾個(gè)步驟:（1)建立數(shù)據(jù)庫，抽取出一個(gè)高質(zhì)量的亞細(xì)胞定位數(shù)據(jù)集并分為訓(xùn)練集和測(cè)試集；（2）從這些蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)中抽取出特征信息向量；（3）選擇合適的算法，根據(jù)前面的特征信息向量作出預(yù)測(cè)；（4）用檢驗(yàn)數(shù)據(jù)集對(duì)預(yù)測(cè)結(jié)果進(jìn)行評(píng)價(jià)。在此使用SMART服務(wù)器進(jìn)行蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)域分析。 motif分析在此試使用PROSITE進(jìn)行motif搜索。在此通過SWISSMODEL同源模建各蛋白的三級(jí)結(jié)構(gòu)。過程為（1）搜搜與目的蛋白結(jié)構(gòu)序列相匹配的模板——同源蛋白，將目的蛋白與同源蛋白進(jìn)行多重序列比對(duì)，確定同源蛋白的結(jié)構(gòu)保守區(qū)及相應(yīng)的主鏈框架結(jié)構(gòu)。（2）依次模建目的蛋白結(jié)構(gòu)保守區(qū)的主鏈、結(jié)構(gòu)變異區(qū)的主鏈。（3）目的蛋白側(cè)鏈的模建及其優(yōu)化。（4）對(duì)模建的結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化和評(píng)價(jià)。 B淋巴細(xì)胞抗原表位預(yù)測(cè) 使用DNAstar軟件，對(duì)蛋白質(zhì)的抗原指數(shù)，親水性，蛋白表面可極性和柔韌性進(jìn)行預(yù)測(cè)。采用Jamesonwolf法對(duì)抗原指數(shù)進(jìn)行預(yù)測(cè)，KyteDoolittle法預(yù)測(cè)親水性，Enimin法預(yù)測(cè)蛋白表面可極性，KarplusSchulz法預(yù)測(cè)柔韌性。 T淋巴細(xì)胞抗原表位預(yù)測(cè)在此試使用SYFPEITHI進(jìn)行T淋巴細(xì)胞表位預(yù)測(cè)分析。(1) 4月6號(hào)~5月08號(hào)搜索6種過敏蛋白的相關(guān)的信息，應(yīng)用相應(yīng)軟件（DNAstar、Bcepred等），采用不同的算法對(duì)6種蛋白的抗原指數(shù)、親水性、蛋白表面的可及性及柔韌性進(jìn)行預(yù)測(cè)，應(yīng)用ProtParam、TargetP、SiganalP、ProtScale、TMHMM 、SOPMA等軟件分析蛋白的結(jié)構(gòu)功能。同時(shí)進(jìn)行二級(jí)、三級(jí)結(jié)構(gòu)構(gòu)建分析。 (2) 5月09號(hào)~5月18號(hào)對(duì)預(yù)測(cè)結(jié)果進(jìn)行認(rèn)真的分析、總結(jié)，得出合理的結(jié)論。(3) 5月19號(hào)~5月31號(hào)閱讀、翻譯外文篇數(shù)：閱讀58篇、翻譯1篇英文學(xué)術(shù)論文。 (4) 6月1號(hào)~6月12號(hào)根據(jù)實(shí)驗(yàn)的結(jié)果認(rèn)真撰寫畢業(yè)論文，要嚴(yán)格按學(xué)校教務(wù)處規(guī)定的學(xué)位論文書寫格式要求撰寫，材料方法詳細(xì)明確，結(jié)果可靠，并對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行分析。 畢 業(yè) 論 文 開 題 報(bào) 告指導(dǎo)教師意見： 指導(dǎo)教師： 年 月 日 附件：參考文獻(xiàn)注釋格式學(xué)術(shù)期刊 作者﹒論文題目[J]﹒期刊名稱，出版年份，卷(期)：頁次如果作者的人數(shù)多于3人，則寫前三位作者的名字后面加“等”，作者之間以逗號(hào)隔開。例如：[1] 李峰,胡征,景蘇等. 納米粒子的控制生長(zhǎng)和自組裝研究進(jìn)展[J]. 無機(jī)化學(xué)學(xué)報(bào)， 2001, 17(3): 315~324[2] , ,. Fabrication of zinc oxide nanorods[J]. Journal of Crystal Growth, 2001,233:5～7學(xué)術(shù)會(huì)議論文集 作者﹒論文題目﹒文集編者姓名﹒學(xué)術(shù)會(huì)議文集名稱[C]，出版地：出版者，出版年份：頁次例如：[3] 司宗國 謝去病 王群﹒重子湮沒快度關(guān)聯(lián)的研究﹒見趙維勤，高崇壽編﹒第五屆高能粒子產(chǎn)生和重離子碰撞理論研討會(huì)文集[C]，北京：中國高等科學(xué)技術(shù)中心，1996：105圖書 著者﹒書名[M]﹒版本﹒出版地：出版者，出版年﹒頁次如果該書是第一版則可以略去版次。例如：[4]韓其智 孫洪洲﹒群論[M]﹒北京：北京大學(xué)出版社，1987﹒101學(xué)位論文 作者﹒論文題目[D]﹒學(xué)士(或碩士、博士)學(xué)位論文. 出版地：出版者，出版年份例如：[5] [D]. 碩士學(xué)位論文. 北京：中國科學(xué)院, 2002專利 [P]. 專利國別：專利號(hào)，日期.例如：[6] 姜錫洲 . 一種溫?zé)嵬夥笏幹苽浞桨竅P]. 中國專利：881056073，19890726.報(bào)紙類 [N].報(bào)紙名，出版日期（版次）[7] [N].光明日?qǐng)?bào)，1998－12－27（3）
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