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原核生物基因組島的建模與識(shí)別(留存版)

  

【正文】 islands. PLoS Ge, 1(5):e62, Nov 2020. 原先是用來(lái)協(xié)助原核基因島的識(shí)別 。 Zcurve Z’曲線(xiàn)的幾何意義 ? Z’曲線(xiàn)被稱(chēng)為累積 GC含量輪廓圖 ? 對(duì)于序列上某一段特定的序列 ?n,它內(nèi)部的 GC含量的平均值有如下關(guān)系: Z’曲線(xiàn)的幾何意義 ? 從上式可以看出累積 GC含量圖 —— Z’曲線(xiàn)的特征: ? 1)如果曲線(xiàn)的某一個(gè)區(qū)域接近于一條直線(xiàn),則該區(qū)域的 GC含量幾乎保持不變; ? 2)曲線(xiàn)上任何一個(gè)突然的最大(?。c(diǎn)預(yù)示著一個(gè)轉(zhuǎn)折點(diǎn) —— GC含量經(jīng)歷了一個(gè)很突然的從相對(duì)低(高)到相對(duì)高(低)的變化。 ? 曲線(xiàn) Zn~n可以用一條直線(xiàn)使用最小二乘法擬合。 4. 利用基于 Linux的 MySQL數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng) , PERL/C++編程以及 Apache服務(wù)器實(shí)現(xiàn)整個(gè)系統(tǒng)并提供給相關(guān)科學(xué)家使用 。 ?人類(lèi)健康受到新的威脅 ?一些分節(jié)段的病毒之間可以通過(guò)重組或重配發(fā)生變異 , 最典型的例子就是流行性感冒病毒 。 ?但是新現(xiàn)和再現(xiàn)的微生物感染還是不斷發(fā)生 , 像大量的病毒性疾病一直缺乏有效的治療藥物 。 2. 用統(tǒng)計(jì)分析的方法研究基因組島邊緣序列的結(jié)構(gòu)特征及其局部區(qū)域相關(guān)關(guān)系 , 建立起更準(zhǔn)確的識(shí)別基因組島的馬爾可夫識(shí)別模型 。 . IslandPick 1 ZCurve 2 SIGIHMM 3 其它說(shuō)明 4 窗口化方法 使用 20kb的窗口在 Bacillus cereus(蠟樣芽孢桿菌)和Bacillus anthracis(炭疽芽孢桿菌)的全基因組上滑動(dòng)所得到的 GC含量的分布圖。這樣,我們就把生物學(xué)中G+C 含量的概念拓廣了,使之在基因組處處都有定義。 SIGIHMM (2020) Stephan Waack, Oliver K, Roman A, Thomas B, Carsten D, Wolfgang , Katharina S, Peter M, and Rainer M. Scorebased prediction of genomic islands in prokaryotic genomes using hidden markov models. BMC Bioinformatics, 7:142, 2020. 這個(gè)算法利用
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