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Univ. of Illinois Press, Urbana, 1949. 致謝 26 致 謝 衷心感謝 張建勇老師在實驗中 對本人的精心 指導(dǎo)。 第三章 結(jié)果與討論 24 但是，通過 GenBank查找 DNA 條形碼時，只能查出別人上傳在數(shù)據(jù)庫的基因序列，很多自己想研究的植物沒有相關(guān)的基因序列。核苷酸序列變異是物種進化的直接表現(xiàn)形式， 通過 DNA 序列分析，可獲得有關(guān)生物遺傳變異的確切信息，從而揭示物種間不同層次的變異。用最大似然法 ( Max imum parsimony, MP) 、鄰位相接法 ( Neighbor Joining, NJ) 構(gòu)建分子系統(tǒng)樹 , 應(yīng)用自展法 ( Boot strap, 1 000 replicates) 對所構(gòu)建的系統(tǒng)樹進行檢測。進一步使用單克隆酶切方法測定了不同脅迫處理對 ndhF C290位編輯效率的影響。對于高等植物來說 , 在提出將 rbcL和 matK作為組合條形碼之后 ,也仍然不能實現(xiàn)對物種的全面鑒定。 Erixon和 Oxelman (2020) 通過比較隨機分割序列及鄰接分區(qū)兩種模式所構(gòu)建系統(tǒng)樹的支持率來判斷引起短枝的原因。當(dāng)所應(yīng)用的 LCNG位點因譜系重排在植物后代中的保留不一致時 , 必然會導(dǎo)致一些物種或個體在系統(tǒng)樹上的位置沖突或與以往其它分析結(jié)果相矛盾。近年來 , 越來越多的研究選用多種 DNA片段來進行植物分子系統(tǒng)重建。甾醇（ sterol)，甾醇糖甙（ sterol glycoside )，和單酸甘油酯（ monoglyceride)。臨床作用有治療急慢性肝炎、治療肺結(jié)核合并血小板減少性紫癜、治療惡性葡萄胎并發(fā)子宮絨毛膜上皮癌、治療嬰兒皮炎、外陰濕疹、陰道炎及子宮頸炎、治療青年扁平疣及銀屑病、治療玫瑰糠疹?！侗静菥V目》中對菊花茶的藥效也有詳細的記載：性甘、微寒，具有散風(fēng)熱、平肝明目之功效。雖然根須淺淺地幾乎只是浮在土上，然而若是拔得不徹底或是拔完了仍然扔在地里，那么依舊是不能置它于死地的，只需要一夜的露水，便足以讓它生出新芽或者復(fù)活，其生命力之強，常讓人驚嘆不已。適生性強 ,耐旱耐貧瘠 ,酸性或堿性 土壤均可生長。喜涼爽、較耐寒，生長適溫 18－ 21℃ ，地下根莖耐旱，最忌積澇，喜地勢高、土層深厚、富含腐殖質(zhì)、疏松肥沃、排水良好的壤土。 它的使命包括四項任務(wù)： ，生物化學(xué)，和遺傳學(xué)知識的存儲和分析的自動系統(tǒng) 2. 實行關(guān)于用于分析生物學(xué)重要分子和復(fù)合物的結(jié)構(gòu)和功能的基于計算機的信息處理的，先進方法的研究 醫(yī)藥治療人員對數(shù)據(jù)庫和軟件的使用。是人類糧食和牲畜飼料的主 要來源，也是加工淀粉、制糖、釀酒、造紙、編織和建筑方面的重要原料。生物信息學(xué)分析及與其它物種比對結(jié)果表明 , ndhF C290 位編輯可能會影響該蛋白的正確折疊。 GenBank數(shù)據(jù)庫中的序列信息量大 , 來源物種豐富、涵蓋廣泛 , 盡管尚有一定不足 , 但仍可用于篩選植物候選 DNA條形碼。栽培種的頭狀花序較野生種大得多。 種子發(fā)芽適宜溫度為 15~30℃ 。圓錐花序緊密呈圓柱形，長 2～ 15厘米，微彎垂或直立，綠色 、黃色或變紫色；小穗橢圓形，先端鈍，長 2～ ；第一穎卵形，具 3脈，第二穎具 5脈；第一外稃與小穗等長，具 5～ 7脈，有一窄狹的內(nèi)稃。 菊花為菊科多年生草本植物，是我國傳統(tǒng)的常用中藥材之一，主要以頭狀花序供藥用。尚含花色素 3丙二酰葡萄糖甙[cyanidin3O（ 6C malonylβDglucopyranoside]。 面上生癬，取草效莖揉軟，不時搓之。 DNA 序列分析技術(shù)能應(yīng)用于植物系統(tǒng)發(fā)育和進化研究中，該方法研究主要是通過提取植物的基因組 DNA, 設(shè)計引物并且擴增出適合進行系統(tǒng)進化研究的基因片段 ,進行 測序之后進行序列比對 , 建立取代模型然后構(gòu)建系統(tǒng)進化樹 , 用來分析物種間親緣關(guān)系和演化變異。 (4) 基于葉綠體不同區(qū)域間的系統(tǒng)結(jié)果矛盾。有時足夠的序列數(shù)據(jù)可能依然無法得到理想的系統(tǒng)樹分支 , 主要表現(xiàn)為某些分類群在系統(tǒng)樹上始終為短枝 , 其枝長為 0或接近 0, 暗示了組成短枝的植物存在快速分化 ( rap id radiation, 也稱適應(yīng)性輻射進化 ) , 即這些植物種在較短時間內(nèi)從祖先中分化出 , 在分子上的變異較小 , DNA序列上表現(xiàn)為同一核苷酸位點較第一章 引 言 11 短時間內(nèi)可能經(jīng)歷了多次突變 , 因此即使應(yīng)用足夠 的 DNA數(shù)據(jù)都無法解決其間的系統(tǒng)關(guān)系。因 此 , DNA條形碼概念在 2020年一經(jīng)提出 , 就得到了科技界和社會的積極響應(yīng)。 Chase et al.,2020。我們從 NCBI數(shù)據(jù)庫中根據(jù)要分析的基因間序列尋找不同屬科植物的植物 DNA序列，根據(jù)課題題目我主要尋找了菊屬、紫草屬、狗尾草屬等植物科屬的一些序列片段，利用軟件和方法對這幾科植物進行分析。 表 31：菊屬群種間遺傳距離 第三章 結(jié)果與討論 19 表 32：紫草屬群種間遺傳距離 表 33：狗尾草屬群種間遺傳距離 第三章 結(jié)果與討論 20 聚類分析 通過對 19 種菊屬的遺傳相似性系數(shù)做進一步的 UPGMA 聚類分析，可得出它們的系統(tǒng)發(fā)育樹如圖 31 所示，從圖中可看出所有材料明顯分為兩組。其中最被看好的是 rbcL基因和和 ndhF基因。同一種生物在不同的生長時期 DNA序列信息是相同的、統(tǒng)一的、唯一的 , 即使經(jīng)過其他特別的加工 , 形態(tài)學(xué)特征發(fā)生了部分變化 , 都不會太影響 DNA序列信息 , 與傳統(tǒng)方法比較 , 檢測樣本的范圍得到了增加 。鑒于此， DNA條形碼技術(shù)是遺傳關(guān)系分析非常有效的方式 。而 ndhF 基因比其他葉綠體編碼基因具有更高的堿基替代速率，再加上進化速率快和穩(wěn)定性好，以及方便快捷的優(yōu)勢，所以采用 ndhF 基因 DNA 序列研究 植物 遺傳關(guān)系是再好不過了，本實驗的結(jié)果也驗證可這一點。 通過對 23 種紫草屬的遺傳相似性系數(shù)做進一步的 UPGMA 聚類分析，可得出它們的系統(tǒng)發(fā)育樹如圖 32 所示，從圖中可看出所有材料明顯分為兩組。 ndhF序列均來于GenBank數(shù)據(jù)庫，詳見表 2表 2表 23： 第二章 實驗方法 15 表 21：菊屬 19 種。 Erickson, 2020)、 matK (Chase et al.,2020。 就整體而言 , 在植物類群中條形碼的研究和應(yīng)用尚處于探索階段 , 稍落后于對動物類群的研究。如基于多種 DNA序列的研究發(fā)現(xiàn)薔薇科蘋果亞科的各分類群經(jīng)歷了早期快速分化 , 表現(xiàn)為系統(tǒng)樹上的短枝。其次 , 需考慮選用的 DNA片段的進化速率和進行系統(tǒng)分析時選用的替代模式是否妥當(dāng)。 DNA 序列在植物分子系統(tǒng)學(xué)研究中的發(fā)展 由 DNA 單一序列分析向多序列分析發(fā)展 在早期的植物分子系統(tǒng)學(xué)研究中大多僅選用一種來源的 ( nDNA或 cpDNA)