最新一步一步教你使用ncbi查找dna、mrna、cdna、protein、promoter、引物設(shè)計、blast序列比對等(存儲版)
【正文】 第三部分 運用STS 查找已經(jīng)公布的引物序列 STS，序列標簽位點（Sequence Tagged Site）：一段短的DNA 序列（200－500 個堿基對），這種序列在染色體上只出現(xiàn)一次，其位置和堿基順序都是已知的。下面還有很多相關(guān)的信息…… 3．點擊GeneBank Accession 后面的代碼，進入下一個頁面。 第四部分 如何運用 BLAST 進行序列比對、檢驗引物特異性 提到序列比對，絕大多數(shù)戰(zhàn)友都會想到 BLAST，但 BLAST 的使用確實又是一個很大的難題， 因為他的功能比較強悍， 里面涉及到的知識比較多， 而且比對結(jié)束后輸出的結(jié)果參數(shù) （指標）又很多。 第三部分 Specialized BLAST 是一些特殊目的的 BLAST，如 IgBLAST、SNP 等等，這個時候你就需要在 Specialized BLAST部分做出適當?shù)倪x擇了。下面的 Entrez Query 可以對比對結(jié)果進行適當?shù)南拗啤? 好了，各位親愛的戰(zhàn)友，我的 BLAST 就發(fā)到這里為止了，更具體的東西有待大家一起去努力研究。其中 Description 部分推薦大家詳細看一下，另外說一下“E value” 這個指標與其他指標不同，它的數(shù)值越小相似程度越高，其他幾個（如 Totle score）都是數(shù)值越高相似度越高。 Choose Search Set 部分是讓我們選擇要與目的序列比對的物種或序列種類（genome DNA、mRNA 等等） 。 第一部分 BLAST Assembled Genomes 就是讓你選擇你要比對的物種，點擊相應(yīng)物種之后即可進入比對頁面。 如果這兩種方法都不能找到你需要的引物的話， 那就自己設(shè)計吧， 建議使用 Primer 5 和 Oligo。 下面以點擊第一個進入的畫面為例。相信這些操作對很多戰(zhàn)友還是有用的。上圖中我需要的 IL6 是標號為2的序列。 你會看到: mRNA join(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394) 這代表了從基因的 3598位開始就是轉(zhuǎn)錄區(qū)了， 即我們常說的 mRNA 片斷， 由于內(nèi)含子的存在，所以 mRNA 在DNA 序列上分成了幾段。下面參考序列給出了三個，是不同的部門做出來的，經(jīng)我驗證，序列有微小的差異，但總體來說基本相同?，F(xiàn)在我就結(jié)合我自己使用 NCBI的一些經(jīng)歷（經(jīng)驗）跟大家交流一下 BCBI 的使用。我也推薦大家使用這個序列。但我還是再嘮叨幾句：轉(zhuǎn)錄起始位點前面是基因的調(diào)控區(qū)，啟動子區(qū)沒有明顯的位置定義，大家也只是猜測它的大體位置，如果你要研究 promoter 區(qū)的話，建議你選擇轉(zhuǎn)錄起始位點前的 2000個堿基進行研究，一般默認的是這樣。在 mRNA a
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