甜瓜屬remap分子標(biāo)記系統(tǒng)的建立和應(yīng)用(中國科技論文在線)(存儲(chǔ)版)
【正文】 morphism among different material, and can be used for variety identification and fingerprint. Key words: Cucumis。目前研究較多的是 LTR 類逆轉(zhuǎn)座子，是一類異質(zhì)性很高的群體，以高拷貝數(shù)形式出現(xiàn)，廣 泛存在于常染色體中，在植物中表現(xiàn)插入多態(tài)性 [3]。 因此，基于逆轉(zhuǎn)座子在甜瓜屬作物中的廣泛分布特點(diǎn)，進(jìn)一步開發(fā)多態(tài)性高、操作簡(jiǎn)單，基于逆轉(zhuǎn)座子的標(biāo)記系統(tǒng)在黃瓜這樣遺傳基礎(chǔ)狹窄的作物中具有重要的意義。 表 2 甜瓜屬 REMAP 引物 Tab. 2 the primers used in this study 序列來源 引物 名稱 序列 退火溫度 Ty1copia LTRA TCGCTGAAGTGAATGGTGGTC 55℃ Ty1copia LTRZ ISSR J1 ACACACACACACACACGC REMAP 反應(yīng)程序的建立 調(diào)整反應(yīng)體系中 DNA 模板量、 Taq 酶 、 Mg2+、 dNTP 和引物 等各成分 的比例， 優(yōu)化擴(kuò)增體系。在 250bp750bp 之間有 5 條共有條帶，差異率為 %。瓊脂糖膠電泳適合一般核酸檢測(cè)，但相對(duì)于 REMAP，擴(kuò)增條帶較多，則需要分辨率高的電泳。由此說明， REMAP 標(biāo)記擴(kuò)增的條帶，絕大多數(shù)為逆轉(zhuǎn)座子與 ISSR引物共同作用結(jié)果，表現(xiàn)為反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子與簡(jiǎn)單重復(fù)序列之間的多態(tài)性條帶。并進(jìn)而對(duì)檢測(cè) 結(jié)果的聚類分析，揭示了 REMAP 的實(shí)用性。 甜瓜屬植物尤其是黃瓜遺傳基礎(chǔ)非常狹窄，急需多種標(biāo)記系統(tǒng)以促進(jìn)其遺傳多樣性和基因組學(xué)研究。陳勁楓 英文作者 WANG Dong。State Key Laboratory of Crop Geics and Germplasm Enhancement, Horticulture Department, Nanjing Agriculture University。210095 作者地址 南京農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院 。作物遺傳與種質(zhì)創(chuàng)新國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，農(nóng)業(yè)部南方蔬菜遺傳改良重點(diǎn)開放實(shí)驗(yàn)室，南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 英文工作單位 State Key Laboratory of Crop Geics and Germplasm Enhancement, Horticulture Department, Nanjing Agriculture University。江彪 。郭大龍等 [15]利用 IRAP 和 REMAP 技術(shù)分析了部分柿屬植物的親緣關(guān)系。 3 結(jié)論 本文根據(jù) Ty1copia 類逆轉(zhuǎn)座子的 LTR序列設(shè)計(jì)引物，與 ISSR 引物配對(duì)組合成 REMAP分子標(biāo)記，應(yīng)用于甜瓜屬 46 份材料，建立了適合于甜瓜屬材料的 REMAP 分子標(biāo)記系統(tǒng)。在黃瓜材料中僅有四條，僅僅只能把材料 14， 15 和 20 區(qū)分開來，其余黃瓜材料均為在 1000bp2021bp 和100bp250bp 之間兩條共有條帶。在 100bp250bp 間顯現(xiàn)出 21 種帶型，在瓊脂糖凝膠電泳中只有 4 條帶。 2%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)結(jié)果 圖 1 甜瓜屬 46 份不同生態(tài)型材料 REMAP 標(biāo)記檢測(cè)結(jié)果 Fig. 1 REMAP pro?le of DNA from 46 different materials in Cucumis. 圖 1 為甜瓜屬 46 份不同生態(tài)型材料的 REMAP 標(biāo)記產(chǎn)物的瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果。 REMAP 引物的設(shè)計(jì)與合成 REMAP 標(biāo)記系統(tǒng)的引物正反向引物分別來源于 Ty1copia 類逆轉(zhuǎn)座子的 LTR 區(qū)和 ISSR 標(biāo)記，其中 Ty1copia 類逆轉(zhuǎn)座子序列信息來源于 GenBank，登陸號(hào)為 GQ326556，引物序列信息見表 2。我們還基于逆轉(zhuǎn)座子開發(fā)了 SSAP 標(biāo)記 [7]。根據(jù)是否具有長末端重復(fù)序列 LTR（ long terminal repeat） 。 1 中國 科技論文在線 甜瓜屬 REMAP 分子標(biāo)記系統(tǒng)的建立和應(yīng)用 王東 ， 江彪 ， 婁群峰 ， 陳勁楓 ** 基金項(xiàng)目： 教育部高等學(xué)校博士學(xué)科點(diǎn)專項(xiàng)科研基金項(xiàng)目（ 20210307034； 20210097110024） 作者簡(jiǎn)介： 王東（ 1986），男，碩士研究生，主要從事蔬菜作物遺傳育種和生物技術(shù)方面研究 通信聯(lián)系人： 陳勁楓（ 1956），男，博士生導(dǎo)師，主要從事蔬菜育種與生物技術(shù)方面 . Email: （作物遺傳與種質(zhì)創(chuàng)新國家重 點(diǎn) 實(shí)驗(yàn)室 ， 農(nóng)業(yè)部南方蔬菜遺傳改良重 點(diǎn)開 放實(shí)驗(yàn)室 ， 南京農(nóng)業(yè)大 學(xué)） 摘要： 基于甜瓜屬 Ty1copia 類逆轉(zhuǎn)座子 的 長末端 重 復(fù) 序列信息 ，結(jié) 合 ISSR 引物序列 ，在體系優(yōu)化 的 基礎(chǔ)上 ， 建立了適 用 于甜瓜屬物種 的 REMAP(Retrotransposonmicrosatellite Amplified Polymorphism)標(biāo)記系統(tǒng) 。其轉(zhuǎn)座過程以 RNA為中間媒介，通過逆轉(zhuǎn)錄酶所主導(dǎo)的 DNARNADNA方式轉(zhuǎn)座，每轉(zhuǎn)座一次，其拷貝數(shù)就增加一次，從而成為植物基因組的重要組成部分 [1]。我們的前期研究發(fā)現(xiàn)逆轉(zhuǎn)座子在黃瓜的基因組中分布廣泛 [6]，基于逆轉(zhuǎn)座子的標(biāo)記系統(tǒng)將能有效地進(jìn)行黃瓜遺傳多樣性的分析。 表 1 用于 REMAP 標(biāo)記系統(tǒng)所使用的甜瓜屬材料 Tab. 1 The materials in Cucumis
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