結(jié)構(gòu)基序預(yù)測蛋白質(zhì)功能(存儲版)
【正文】 haring the same posite motifs. 我們通過把檢驗(yàn)得到的兩個不同的 posite motifs的相似性和最小序列一致性做一個函數(shù)。 文中思想 為了明確原子水平上蛋白質(zhì)相互作用的模式與其功能的關(guān)系，在這里我們采用一個非常詳盡的 allagainstall structural parisons of binding site structures at atomic level using all structures available in the Protein Data Bank (PDB) 。迄 今為止，最常用于蛋白質(zhì)功能預(yù)測的方法是 annotation transfer，它是基于一種蛋白質(zhì)序列相似， 功能相似的假設(shè)基礎(chǔ)上的方法。傾向于找到一些緊湊的分類。這三種算法在定義類間的距離時分別取兩類間的最小距離、最大距離和平均距離。 表示了八種不同系統(tǒng)聚類方法計(jì)算類間距離的統(tǒng)一表達(dá)式 Composite Structural Motifs of Binding Sites for Delineating Biological Functions of Proteins 匯報(bào)人：劉言 簡介 在原子水平上，我們都是通過蛋白質(zhì)之間或蛋白 質(zhì)與其他分子之間相互作用來理解生物學(xué)過程的。蛋白質(zhì)序列折疊方式不同，會導(dǎo)致結(jié)構(gòu)不同，從而影響功能。通過這種方式，確定在后續(xù)的分析中當(dāng)結(jié)構(gòu)冗余條件移除后高度相似的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)差異或相同的氨基酸序列是否能夠 preserved。 為了對生物學(xué)過程有一個更加綜合性的感官，我們把所有 的與特殊功能有關(guān)系的 posite motifs分類定義成 metaposite motifs。 normalized similarity S(A,B) between the binding sites A and B is defined as 3. Functions defined by UniProt keywords 我們從 PDB數(shù)據(jù)庫中提取的每個亞基（均至少含有一個配 體結(jié)合位點(diǎn)）在 Uniprot數(shù)據(jù)庫中均可找到注釋。 ? NA,B是兩原子中配對比對結(jié)合的數(shù)目。 2. Characterization of posite motifs 組成 posite motif的 elementary motifs的數(shù)目由 120不等。 然而，大部分研究都是針對于一些特殊的相互作用本身和不明確機(jī)理的相互作用如何調(diào)控蛋白質(zhì)的生物學(xué)功能的。 Genome sequence technologies促使我們更加急迫 的去發(fā)掘從序列信息預(yù)測蛋白質(zhì)功能的有效技術(shù)。同樣不考慮到類的結(jié)構(gòu)。前兩種算法對邊緣值太過敏感，對于未知的元素分布，一般采用平均連鎖算法。 大部分蛋白質(zhì)會同
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