【正文】 A的半保留復制。衛(wèi)星DNA通常是高度串聯(lián)重復的DNA。按DNA雙螺旋的相反方向纏繞而成的超螺旋稱為負超螺旋,反之,則稱為正超螺旋。非組蛋白:是染色體中除了組蛋白之外的結(jié)構(gòu)蛋白。以下的非組蛋白。大,小溝都是由于堿基對堆積和糖一酸骨架扭轉(zhuǎn)造成的DNA拓撲異構(gòu)酶(dnatopoismerase):能在閉環(huán)DNA分子中改變兩條鏈的環(huán)繞次數(shù)的酶,它的作用機制是首先切斷DNA,讓DNA繞過斷裂點以后再封閉形成雙螺旋或超螺旋DNA 復制體一種多蛋白復合體,包含DNA聚合酶,引發(fā)酶,解旋酶,單鏈結(jié)合蛋白和其他輔助因子復制叉:復制時,雙鏈DNA要解開成兩股鏈分別進行DNA合成,所以,復制起點呈叉子形狀,被稱為復制又引物。引發(fā)體移動需要來自ATP水解的能量前導鏈:在DNA復制過程中,與復制叉運動方向相同,以53方向連續(xù)合成的鏈為前導鏈 后隨鏈在DNA復制過程中,與復制叉運動方向相反,以35方向不連續(xù)延伸的鏈被稱為后隨鏈或滯后鏈錯配修復:是對DNA錯配區(qū)的修復。一、冷凍離心機低溫分離技術是分子生物學研究中必不可少的手段。極限轉(zhuǎn)速20000rpm。（1）插上電源，待機指示燈亮；打開電源開關，調(diào)速與定時系統(tǒng)的數(shù)碼管顯示的閃爍數(shù)字為機器工作轉(zhuǎn)速的出廠設定，溫控系統(tǒng)的數(shù)碼管顯示此時離心腔的溫度。在預先設定的加速時間內(nèi)，其運速升至預先設定的值。（2）開機前應檢查轉(zhuǎn)頭安裝是否牢固，機腔中有無異物掉入。轉(zhuǎn)速設定不得超過最高轉(zhuǎn)速，以確保機器安全運轉(zhuǎn)。二、電泳儀電泳技術是分子生物學研究不可缺少的重要手段。下面以DYY12型電腦三恒多用電泳儀（北京六一儀器廠）為例介紹其使用方法。用鍵盤輸入新的工作程序。TIME174。②先設置電壓U，按“選擇”鍵，先將其反顯，然后輸入數(shù)字鍵即可設置該參數(shù)的數(shù)值。⑤設置時間T，按“選擇”鍵，先使T反顯，然后輸入數(shù)字320。之后逐漸將輸出電壓加至設置值。以后需要調(diào)用時可以按“讀取”鍵，再按“0”鍵，按“確定”鍵，即可將上次設置的工作程序取出執(zhí)行。(3)如果輸出端接多個電泳槽，則儀器顯示的電流數(shù)值為各槽電流之和，此時應選擇穩(wěn)壓輸出，以減小各槽的相互影響。(6）長期不用儀器，應放置在干燥通風的清潔環(huán)境中保存三、分析天平分析天平是定量分析工作中不可缺少的重要儀器，充分了解儀器性能及熟練掌握其使用方法，是獲得可靠分析結(jié)果的保證。PL203/01型精密電子天平：最大稱量210g；；AL104/01型高分辨率電子分析天平：最大稱量110g； （1）檢查并調(diào)整天平至水平位置。（3）稱量時將潔凈稱量瓶或稱量紙置于稱盤上，關上側(cè)門，天平將顯示該重量，點擊“174。（1）天平應放置在牢固平穩(wěn)水泥臺或木臺上，室內(nèi)要求清潔、干燥，同時應避免光線直接照射到天平上。四、分光光度計不同物質(zhì)對不同波長入射的吸收程度各不相同，從而形成各具特征的吸收光譜。分光光度計由光源、單色器、吸收池、接受器、顯示屏幕所組成，它不僅適應于可見光區(qū)，同時還擴展至紫外光 區(qū)及紅外光區(qū)。該儀器除了能檢測核酸樣品濃度外，還可進行蛋白質(zhì)濃度以及細胞培養(yǎng)液濃度 的測定，能檢測低至幾微升樣品（70181。(2）在儀器面板上有許多功能鍵，其中包括檢測base sep、Tm、DNA、RNA、oligo、Protein595assay、Protein280 meas、cell culture等。l Use 320nm NO Dilution Faotor 1 Insert reference, 以上為儀器預設置的參考數(shù)據(jù)，若按“enter”鍵，和“select”鍵可以將以上的參數(shù)進行重新設定。先用吸管吸高純水入樣品杯中，然 后放入儀器上的樣品槽中，放入時注意樣品杯的光學面朝前方。(5）一個樣品測定完畢，按“stop”鍵，返回“Instrument Ready”。五、數(shù)字式酸度計酸度計是實驗室配置溶液必備的儀器。非共價鍵四級： 許多蛋白分子由多條多肽鏈（亞基，subunits）構(gòu)成。3’ 方向)兩鏈的堿基通過氫鍵互補配對，A:T。空間結(jié)構(gòu)為：右手雙螺旋結(jié)構(gòu)每轉(zhuǎn)一圈~10個堿基對，雙鏈螺旋中形成大溝，小溝。超螺旋DNA（Supercoil DNA）:松弛型雙鏈DNA進一步旋轉(zhuǎn)后，再形成閉環(huán)結(jié)構(gòu)時，就會形成DNA超螺旋結(jié)構(gòu)L=T+W 判斷是否為超螺旋 正負超螺旋 拓撲異構(gòu)酶：暫時斷裂DNA分子中一條或兩條單鏈上的磷酸二酯鍵，改變DNA分子的連接數(shù)及拓撲狀態(tài)。EB: 嵌入DNA配對堿基之間，使DNA分子在嵌入處局部解旋，增加ccDNA其它部位的正超螺旋 Type II RE二型限制性內(nèi)切酶:識別位點一般為４～8個堿基對的回文序列如：EcoRI5’GAATTC3’3’CTTAAG5Section D 1 染色體的折疊：串珠結(jié)構(gòu) ：核心組蛋白:H2A, H2B, H3 and H1核小體30nm纖絲高級環(huán)狀結(jié)構(gòu)（染色質(zhì)的最高結(jié)構(gòu)）緊密纏繞結(jié)構(gòu) 著絲粒：兩側(cè)是大量的名叫衛(wèi)星DNA的重復序列端粒：上百個短的重復序列作用：端粒DNA 形成特殊的環(huán)狀二級結(jié)構(gòu)，保護染色體末端不被核酸外切酶降解。2確定DNA半保留復制半不連續(xù)復制 3 復制的基本步驟 復制為雙向大腸桿菌的復制：起始AT含量高的區(qū)域參與蛋白：DnaA（復制起始因子)：識別并結(jié)合于重復序列上，驅(qū)使富含AT的重復序列解鏈，需負超螺旋，及ATPDnaB(DNA解旋酶):DNA雙鏈解旋，形成復制叉SSB:(單鏈結(jié)合蛋白):保持解旋部分的單鏈狀態(tài)DnaG(引發(fā)酶/引物酶):RNA引物合成，引發(fā)復制 延伸參與蛋白：DNA Pol III全酶：負責新鏈的合成:前導鏈，岡崎片段DNA polI：復制中除去引物，填補引物處空缺終止： 真核生物的復制：一個細胞周期內(nèi)，一個DNA分子只能復制一次Section F 1 復制忠實性的機制：DNA復制的高精度：模板連和進入核苷酸在DNA聚合酶的作用位點正確配對3’到5’外切核酸酶對錯誤堿基的校正錯配修復 2 holiday模型 3Section K 編碼鏈 模板鏈 2 大腸桿菌的轉(zhuǎn)錄RNAP酶：核心酶：a 亞基：aNTD對核心酶的組裝很重要。抗生素利福平結(jié)合在在b 亞基上，可以抑制RNAP的轉(zhuǎn)錄活性。w 亞基：可能與RNAP的組裝及維持RNAP結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性有關s factor(s因子)：s factor 在啟動子特異性識別過程中至關重要 移動慢的原因：可以保持與翻譯同步。RNAP倒退暴露新合成的錯配堿基，可以有利于其他輔助核酸酶將錯配堿基切除，增加轉(zhuǎn)錄的忠實性。轉(zhuǎn)錄單位的前30個核苷酸的堿基序列：影響RNAP從啟動子處移動出去（啟動子區(qū)清空）的速率。如：啟動子，轉(zhuǎn)錄激活因子結(jié)合位點等。（Lac operon，CRP調(diào)控）正控阻遏：共阻遏物使激活因子失活，減少基因的表達。TBP(TATAbox binding protein):可識別并結(jié)合TATAbox TAFII（TBPassociated factor II）：TBP關聯(lián)蛋白，TFIID中與TBP形成復合體的所有蛋白，～13個。TFIIE 刺激TFIIH介導的磷酸化反應。Section N 1 DNAbinding domains（DBD）:DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域螺旋轉(zhuǎn)角螺旋結(jié)構(gòu)（域）鋅指結(jié)構(gòu)（域）堿性結(jié)構(gòu)（域）Dimerization domains：二聚體化結(jié)構(gòu)域亮氨酸拉鏈 螺旋 散環(huán) 螺旋 DBD+DM 激活結(jié)構(gòu)域 酸性激活結(jié)構(gòu)域 富含谷氨酰胺結(jié)構(gòu)域 富含脯氨酸的結(jié)構(gòu)域 LBDSection O 真核生物中mRNA 加工的一般過程 5’加帽: CTD作用：轉(zhuǎn)錄起始時，參與加帽反應的三種酶結(jié)合在RNA Pol II的CTD結(jié)構(gòu)域上。增強mRNA的翻譯水平，增加基因的表達 剪接 甲基化 2 核酶有：有催化功能的RNA即為核酶U2 U6 RNAP 3 RNA的多樣性：可變加工，反式剪接，RNA編輯 原核生物核糖體真核生物核糖體 原核rRNA 加工的大致過程：形成多個莖環(huán)結(jié)構(gòu)，與蛋白結(jié)合形成RNP，核苷酸修飾，逐級切割真核rRNA 加工的大致過程：甲基化，切割。即：多個密碼子對應同一種氨基酸?；蛞话悴恢丿B。是在蛋白質(zhì)合成中，將密碼子轉(zhuǎn)換氨基酸的適配器。起始氨酰tRNA也進入此位點。空載tRNA的釋放 肽鏈的釋放。4 核糖體各亞基的功能核糖體小亞基功能：結(jié)合mRNA促進密碼子與反密碼子的正確結(jié)合 mRNA移位大亞基的功能A位、P位、肽酰轉(zhuǎn)移酶（轉(zhuǎn)肽酶）中心等在大亞基上。3 核糖體的E，P，A位點 A位：，其他所有AAtRNA都只能進A位點。有些物種也有重疊基因的現(xiàn)象。生物對同義密碼子的使用經(jīng)常有偏好性。密碼子為連續(xù)的，之間無間隔、無重疊。作用：防止降解：核糖核酸酶一般不能降解帽結(jié)構(gòu)中的三磷酸鍵幫助轉(zhuǎn)運mRNA到細胞質(zhì)中增強翻譯水平：mRNA需要帽結(jié)合蛋白的幫助才能更好的與核糖體結(jié)合 幫助去除premRNA中的第一個內(nèi)含子。SP1 為組成性表達的轉(zhuǎn)錄因子，在所有的細胞中都存在，與基因本底表達水平有關 SL1，選擇因子,RNA Pol I起始轉(zhuǎn)錄所必需的因子 CTD:羧基末端結(jié)構(gòu)域，的磷酸化狀態(tài)與轉(zhuǎn)錄進程有關轉(zhuǎn)錄起始時期，CTD結(jié)構(gòu)域一般處于去磷酸化形式，與結(jié)合啟動子有關。將NTP（一般為ATP）的g磷酸基團轉(zhuǎn)移到蛋白上。（Lac operon，lac repressor）負控阻遏:共阻遏物活化阻遏蛋白，使其可以降低基因的表達。2 乳糖操縱子 色氨酸操縱子 正負調(diào)控都可以有誘導和阻遏兩種調(diào)控方式。轉(zhuǎn)錄的起始：開放復合物 閉合復合物 無效起始延伸：啟動子的清空，鏈的延伸轉(zhuǎn)錄泡，s因子的循環(huán)利用終止：依賴性 不依賴性反復重復序列Section L （cisacting elements）：一般為DNA上較為保守的、有著特異性序列或結(jié)構(gòu)的特定區(qū)域。10序列到TSS位點的距離對轉(zhuǎn)錄效率也有很大的影響35 序列：增強RNAP s factor 的識別能力及與DNA的結(jié)合能力 4 影響啟動子效率的DNA序列：核心啟動子的序列：與保守序列越像，效率越高。有利于轉(zhuǎn)錄終止RNAP沒有3’ →5’外切酶活性，不能進行轉(zhuǎn)錄校正。利迪鏈菌素只抑制延伸而不抑制轉(zhuǎn)錄起始b’ 亞基：可能與RNAP的催化有關。b 亞基：RNAP的催化中心。甲基化—轉(zhuǎn)錄抑制去甲基化—恢復轉(zhuǎn)錄組蛋白的乙?；汉诵慕M蛋白N端的Lys被乙?；珼NA與核心組蛋白體解聚。細胞中，Ⅰ型酶與Ⅱ型酶的活性保持一種平衡狀態(tài)。高 pH 值(pH11)會改變堿基構(gòu)象，使DNA變性（雙鏈解旋，成單鏈）RNA的影響：高pH值，2’羥基會攻擊磷酸二酯鍵，使其斷裂，形成2’，3’環(huán)式磷酸二酯鍵，從而使RNA分子斷裂 共價閉合環(huán)狀DNA(convalently closed circular DNA, cccDNA）。雙鏈序列反向互補各基團排列方式：糖磷酸骨架DNA分子排列在外。非共價鍵 偶極：電子云在極性共價鍵的兩原子間不均勻分布，使共價鍵兩端的原子分別呈現(xiàn)不同的電性兼性離子：具有正電荷（堿性），又具有負電荷（酸性）的分子 雙極性分子：Section C 1核酸的光學特性：增色性：一種化合物隨著結(jié)構(gòu)的改變對光的吸收能力增加的現(xiàn)象 減色性：一種化合物隨著結(jié)構(gòu)的改變對光的吸收能力減少的現(xiàn)象 Reason: 堿基環(huán)暴露在環(huán)境中的越多，對紫外的吸收力越強 Absorbance（吸收值）：Nucleotide ssDNA/RNA dsDNA 核酸的最大吸收峰260mm(堿基有芳香環(huán))芳香族氨基酸最大吸收峰280mm A260/A280:純的 dsDNA： 純的 RNA： 純的 Protein： 2 Tm 值（熔解溫度）：熱變性時，使得DNA雙鏈解開一半所需要的溫度。第五篇：分子生物學總結(jié)SectionA 1 三個域：真細菌，古細菌，真核生物 2 組裝中的主要作用力：非共價健作用力SectionB 1 蛋白質(zhì)純化的分析方法正電荷：天冬氨酸 谷氨酸負電荷：賴氨酸 精氨酸組氨酸極性：天冬酰胺 谷氨酰胺蘇氨酸 絲氨酸 半胱氨酸非極性：脂肪族 甘氨酸 丙氨酸 纈氨酸 亮氨酸異亮氨酸 甲硫氨酸 脯氨酸芳香族 苯丙氨酸酪氨酸 色氨酸 Cys 二硫鍵 Gly 無手性 Pro 亞氨基酸芳香族氨基酸最大吸收峰280mm 3 蛋白質(zhì)的一級(決定蛋白折疊及其最后的形狀的最重要的因素)：氨基酸脫水縮合形成肽鏈 N端到C端共價鍵二級：多肽鏈中空間結(jié)構(gòu)鄰近的肽鏈骨架通過氫鍵形成的特殊結(jié)構(gòu)。由于樣品杯十分昂貴，使用時要小心操作。顯示屏上出現(xiàn)一系列數(shù)據(jù)均“”并提示插入樣品“Insert sample ”。l或5～7181。在顯示屏上：Pathlengh 10mm Units 181。l），樣品無需稀釋，測量后還可全部回收。分子生物學實驗中常