【正文】 .................................................................. 25 CFS 算法 ............................................................................................... 25 FFS 算法 ................................................................................................ 26 本章小結(jié) ......................................................................................................... 27 上海大學(xué)博士學(xué)位論文 20xx 年 5 月 XI 第三章 小分子的參數(shù)表征研究 ......................................................................... 28 引言 ................................................................................................................. 28 商業(yè)軟件 ......................................................................................................... 28 HyperChem ............................................................................................ 28 ChemOffice............................................................................................ 30 開源軟件 ......................................................................................................... 31 小分子官能團(tuán)組成 .............................................................................. 31 CDK ....................................................................................................... 33 ChemAxon ........................................................................................................ 34 ChemAxon 及其產(chǎn)品簡(jiǎn)介 .................................................................... 34 ChemAxon 簡(jiǎn)介 ......................................................................... 34 Marvin 簡(jiǎn)介 ................................................................................ 35 JChem 簡(jiǎn)介 ................................................................................ 36 JChem for Excel 的簡(jiǎn)介 ....................................................................... 37 Calculator Plugins 的簡(jiǎn)介 ..................................................................... 38 國內(nèi)外使用 ChemAxon 的概況 ........................................................... 41 國內(nèi)使用情況 ........................................................................... 41 國外使用情況 ........................................................................... 42 基于 Calculator Plugins 的二次開發(fā) ................................................... 44 程序的簡(jiǎn)介 ............................................................................... 44 對(duì)計(jì)算分子的預(yù)處理 ............................................................... 45 程序 的實(shí)現(xiàn)原理 ....................................................................... 46 程序的使用方法 ....................................................................... 47 本章小結(jié) ......................................................................................................... 48 第四章 小分子參與代謝途徑類型研究 ............................................................. 49 引言 ................................................................................................................. 49 小分子參與脂類代謝途徑的子類型預(yù)測(cè) ...................................................... 51 研究背景 .............................................................................................. 51 數(shù)據(jù) 準(zhǔn)備 .............................................................................................. 52 結(jié)果與討論 .......................................................................................... 55 特征選擇 ................................................................................... 55 模型的建立與評(píng)估 ................................................................... 55 特征分析 ................................................................................... 58 小分子參與單途徑代謝的類型預(yù)測(cè) ............................................................. 59 研究 背景 .............................................................................................. 59 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 .............................................................................................. 61 結(jié)果與討論 .......................................................................................... 63 特征選擇 ................................................................................... 63 模型的建立與評(píng)估 ................................................................... 66 投票法模型分析 ....................................................................... 68 特征分析 ................................................................................... 70 與使用官能團(tuán)組成 結(jié)果的比較 ............................................... 74 在線預(yù)測(cè)服務(wù) ...................................................................................... 75 上海大學(xué)博士學(xué)位論文 20xx 年 5 月 XII 實(shí)現(xiàn)在線預(yù)測(cè)服務(wù)的意義 ....................................................... 75 在線預(yù)測(cè)服務(wù)的實(shí)現(xiàn)原理 ....................................................... 76 在線預(yù)測(cè)服務(wù)的內(nèi)容 ............................................................... 77 本章小結(jié) ......................................................................................................... 78 第五章 小分子與酶的相互作用研究 ................................................................. 80 引言 ................................................................................................................. 80 蛋白質(zhì)的表征方法 ......................................................................................... 81 氨基酸組成 .......................................................................................... 82 擬氨基酸組成 ...................................................................................... 83 氨基酸的組成和分布 .......................................................................... 84 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 ......................................................................................................... 85 數(shù)據(jù)的獲取 .......................................................................................... 85