sybyl軟件與計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)(文件)
【正文】 gnments Hbond Donor Hbond Acceptor Hydrophobe Hbond Donor Hbond Acceptor Hydrophobe x1,y1,z1 x2,y2,z2 x3,y3,z3 x4,y4,z4 x5,y5,z5 Spatial query pharmacophore points specified by x,y,z D1 D2 D3 D4 Distance query pharmacophore specified by interfeature distances D1, D2, ... Pharmacophore perception Hit molecule from LeadScreen 凱鵬視算 DISCOtech 的工作原理 Molecular Structures Low E Conformations Pharmacophore Model Conformer generation Clique detection Pharmacophore perception 凱鵬視算 How does GASP work? Molecular Structures Pharmacophore Hypotheses Alignment Chromosomes Mutation Crossover 凱鵬視算 Chemical Informatics 化學(xué)信息學(xué) Chemical Informatics ? UNITY（ 數(shù)據(jù)庫(kù)管理與搜索） ? CONCORD /SteroPlex （ 2D3D） ? SARNavigator（ 高通量篩選數(shù)據(jù)分析） 凱鵬視算 Unity ? 通過(guò)多種手段對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行搜索 ? 二維子結(jié)構(gòu)搜索 ? 分子相似度搜索 指紋法 ? 三維剛性、柔性的數(shù)據(jù)庫(kù)搜索 ? 基于受體結(jié)合位點(diǎn)的三維數(shù)據(jù)庫(kù)搜索 Chemical Informatics 凱鵬視算 Unity example 2D searching ? Return all pounds in LeadScreen (50,000 pounds) with the following group NSOOSearch Takes 8 seconds and returns 84 pounds Chemical Informatics 凱鵬視算 Unity example similarity searching ? Return all pounds in LeadScreen (50,000 pounds) at least 75% similar to Search Takes 7 seconds and returns 8 pounds Chemical Informatics 凱鵬視算 Biomolecular Software Biomolecular Software ? Biopolymer（ 生物大分子） ? Composer（ 同源模建） ? MatchMaker（ 穿線法） ? GeneFold（ 復(fù)合穿線法） ? FUGUE（ 遠(yuǎn)程同源模建） ? ProTable（ 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析） ? SiteID（ 結(jié)合位點(diǎn)分析） ? LeapFrog（ 從頭設(shè)計(jì)） ? Rachel 凱鵬視算 生物大分子顯示，修改，優(yōu)化 Biopolymer ? Insulin Biomolecular Software Sequence: FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKA 凱鵬視算 Composer（ 同源模建） ? 生物界的共識(shí)：相似的序列決定相似的結(jié)構(gòu) ? 根據(jù)蛋白質(zhì)序列間的同源性，使用 Composer進(jìn)行同源模建 ? 模板的結(jié)構(gòu)來(lái)源于蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)（ PDB ） ? 與模板的序列同源性應(yīng)達(dá)到30%以上 Biomolecular Software 凱鵬視算 GeneFold（ 高級(jí)穿線法） ? 模型化所有的折疊模式，穿線法預(yù)測(cè)新蛋白質(zhì)的折疊模式 ? 序列同源性 30%以下也可以進(jìn)行結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) ? 理論：折疊模式是有限的，新序列與模型結(jié)構(gòu)的相容性決定它所采取的折疊模式。相關(guān)性決定了其結(jié)構(gòu)的相容性 ? FUGUE內(nèi)有一個(gè)蛋白家族歸類數(shù)據(jù)庫(kù)。 G_score D_score PMF_score ChemScore GOLD程序 DOCK程序 * GLIDE程序 ? 多種評(píng)價(jià)函數(shù)的一致性評(píng)價(jià)就是更具有參考意義的 CScore Virtual Screening 凱鵬視算 PPAR基因轉(zhuǎn)錄因子，以配體激活方式調(diào)控脂肪細(xì)胞分化。 property data ? Vector representation of fields pared by: ? Euclidian distance ? Tanimoto coefficient ? Cosine coefficient 凱鵬視算 Selector Diversity Selection ? Distance based ? must use distance based with highdimensional metrics ? example is 2D but reality is 1000D ? . Dissimilarity selection Compound Select pound at random Pick most different pound from 1st Pick most
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