【正文】 ACMG全外顯子測序指南摘要：美國醫(yī)學遺傳學與基因組學學會（ACMG），隨著高通量測序的出現(xiàn)，測序技術迅速發(fā)展。通過采用和利用下一代測序，臨床實驗室正在進行基因分型，單基因，基因組，外顯子，基因組，轉(zhuǎn)錄組和遺傳疾病表觀遺傳學檢測的不斷增加的遺傳檢測目錄。由于復雜性增加，基因檢測的這種轉(zhuǎn)變伴隨著序列解釋的新挑戰(zhàn)。在這方面，ACMG于2013年召集了一個由ACMG，分子病理學協(xié)會（AMP）和美國病理學家學會的代表組成的工作組，重新審視和修訂了序列突變解釋的標準和準則。該組由臨床實驗室主任和臨床醫(yī)生組成。本報告代表ACMG，AMP和美國病理學家利益相關者聯(lián)盟組成的工作組的專家意見。這些建議主要適用于臨床實驗室使用的遺傳檢測的范圍，包括基因分型，單基因，panel，外顯子和基因組。本報告建議使用具體的標準術語 “致病性”，“可能致病性”，“不確定性意義”，“可能良性”和“良性”來描述在導致孟德爾病癥的基因中鑒定的突變。此外，該建議描述了基于使用典型類型的突變證據(jù)（例如，群體數(shù)據(jù)，計算數(shù)據(jù)，功能數(shù)據(jù)，分離數(shù)據(jù)）的標準將突變分類為這五個類別的過程。由于本報告中描述的臨床基因檢測的分析和解釋的復雜性增加，ACMG強烈建議臨床分子遺傳學檢測應在經(jīng)過臨床實驗室改進修訂批準的實驗室進行，結果由相關職業(yè)認證的臨床分子遺傳學家或分子遺傳病理學家或同等學科專家進行解釋。關鍵詞：ACMG實驗室指導。 臨床遺傳檢測。 解釋；報告。 序列變異術語；突變報告前言臨床分子實驗室正在不斷增加檢測的新的序列突變，因為在檢測患者標本時不斷發(fā)現(xiàn)大量與基因疾病相關的基因。 雖然一些表型與單個基因相關，但許多與多個基因相關。 我們對任何給定序列突變的臨床意義的理解是循序漸進的，其范圍從那些幾乎肯定是疾病致病性突變到幾乎肯定是良性的突變。 雖然以前的美國醫(yī)學遺傳學和基因組學會（ACMG）的建議提供了序列突變的解釋類別和解釋算法。本報告描述了關于序列變異分類的更新的標準和指南，由專家意見和經(jīng)驗數(shù)據(jù)確定的標準。方法在2013年，由ACMG，分子病理學協(xié)會（AMP）和美國病理學家學會成員組成的工作組成立，代表臨床實驗室主任和臨床醫(yī)生，目的是制定使用標準術語的建議，以使用根據(jù)通過專家意見，工作組共識和社會投入制定的制度對現(xiàn)有證據(jù)加權。為了評估臨床實驗室的意見，要求輸入術語偏好和評估變異分類的證據(jù)。實驗室檢測經(jīng)驗包括罕見疾病以及藥物基因組學和體細胞癌檢測。旨在評估術語偏好的第一項調(diào)查于2013年2月發(fā)布，結果在2013年ACMG年度會議的公開論壇上發(fā)布，其中包括75位與會者。調(diào)查對象在北美代表了超過45個實驗室。 調(diào)查結果和公開論壇表明，（i）使用“致病性”，“可能致病性”，“不確定性意義”，“可能良性”和“良性”這五個術語系統(tǒng)是首選的，已經(jīng)在大多數(shù)實驗室使用，以及（ii）工作組的首次努力應著重于孟德爾病和線粒體突變。在第一次調(diào)查中，實驗室也被要求提供突變評估方案，11個人分享了他們的方法。通過分析所有提交的協(xié)議，工作組制定了一套標準來加權突變證據(jù)和一套組合標準以達到五個分類層之一的規(guī)則。工作組成員使用已知類別的突變在其實驗室和/或更廣泛的范圍檢測了該方案數(shù)周。此外，對具有最常見類型證據(jù)的突變的典型示例進行了分類分配，以確保系統(tǒng)根據(jù)工作組成員當前應用的方法對這些突變進行分類。第二次調(diào)查于2013年8月發(fā)送給那些相同的通過GeneTests確認的實驗室，以及通過AMP的約2,000個成員，以及提出的分類方案和詳細的補充描述如何使用每個標準的實驗室。實驗室被要求使用該方案，并就每個標準的適用性和相對權重，分類系統(tǒng)的易用性以及是否在本國實驗室采用這種系統(tǒng)提供反饋。超過33個實驗室的回應表明多數(shù)支持擬議的方法，反饋意見進一步指導了擬議標準和準則的制定。2013年11月，工作組在AMP會議上與50多名與會者舉行了研討會，介紹了修訂的分類標準和兩個潛在的評分系統(tǒng)。一個系統(tǒng)與這里提出的方法一致，另一個系統(tǒng)是一個點系統(tǒng)，其中每個標準給出了一些點，為病原標準指定積極點和良性標準的負點，從而對所以突變的分類進行了定義。通過觀眾回應系統(tǒng)，參與者被問及如何在評估突變證據(jù)時對每個標準（強，中等或支持或不使用）進行加權。同樣，這些答復也納入了這里介紹的分類系統(tǒng)。應該指出的是，雖然大多數(shù)答復者都贊成一個積分制，但工作組認為，為每個標準指定具體要點意味著對目前不支持科學評估的每個標準的定量水平的理解，并沒有考慮到解釋遺傳證據(jù)的復雜性。工作組還對來自其他專業(yè)社會和工作組的建議進行了評估，其中已經(jīng)制定了乳腺癌，結腸癌和囊性纖維化中良好基因的變異分類指南。雖然這些突變分析指南在特定環(huán)境中是有用的，但是很難將其提出的標準應用于所有基因和不同的實驗室設置。本文中描述的突變分類方法適用于所有孟德爾基因的突變，無論是通過單基因檢測，多基因定位，外顯子測序還是基因組測序鑒定。我們期望隨著技術和知識的改進，這種突變分類方法將會發(fā)展。我們還應該注意，在特定疾病組中工作的那些人應該繼續(xù)制定關于特定基因中突變分類的更集中的指導，因為賦予某些標準的適用性和重量可能因基因和疾病而異。一般考慮術語突變被定義為核苷酸序列的永久變化，而多態(tài)性定義為頻率高于1％的突變。 然而，廣泛使用的術語“突變”和“多態(tài)性”通常分別導致由于不良假定的致病性和良性效應而引起的混淆。 因此，建議將兩個術語用術語“突變”替換為以下修飾物：（i）致病性，（ii）可能的致病性，（iii）不確定的意義，（iv）可能良性或（v）良性。 雖然這些修飾劑可能不涉及所有人類表型，但是它們包括與本指南中所述的與孟德爾病有關的突變的五級分類系統(tǒng)。 建議所有的致病的診斷（包括“可能致病”的報道）是相對于條件和遺傳模式（例如，（），致病性，囊性纖維化，常染色體隱性遺傳）。應該指出的是，一些實驗室可能會選擇擁有額外的分類層級（例如，對具有不確定意義的突變進行分類，特別是內(nèi)部使用），這種做法不被認為與這些建議不一致。還應該指出。推薦用于拷貝數(shù)突變的模式，同時包括五個層次，使用“不確定的臨床意義 可能致病性“和”不確定的臨床意義 可能良性“。大多數(shù)工作組不支持使用“不確定的意義 “術語修改為”可能致病”或“可能是良性”，因為認為這里提出的標準將突變分類為“可能”類別包括比拷貝數(shù)突變指南中概述的更強的證據(jù)，并且組合這兩個類別將為接受臨床報告的衛(wèi)生保健提供者和個體造成混亂。然而，有人認為，使用術語“可能”應該限于數(shù)據(jù)支持很可能是致病性或很有可能是良性的突變。雖然術語“可能”沒有定量定義，但在某些突變分類設置中已經(jīng)提出了指導。然而，在ACMG公開論壇期間對協(xié)會的調(diào)查顯示，“可能”一詞的用途范圍更廣泛。認認識到這一點，我們建議將“可能致病性”和“可能良性”這一術語用于表示大于一個突變的90％的確定性是致病的或良性的，為實驗室提供一個具有共同的，雖然是規(guī)定的定義，是疾病或良性的。同樣，國際癌癥研究機構準則2支持95％的致病性確定性，但工作組（通過ACMG公開論壇的反饋確認）認為，臨床醫(yī)生和患者愿意容忍稍高一些的錯誤機率到90％的決定。還應該指出，目前，大多數(shù)疾病具有異質(zhì)性，大多數(shù)突變沒有數(shù)據(jù)來支持對五個類別中的任何一個的突變確定性的定量分配。 希望隨著時間的推移，將會開發(fā)客觀地將變異的致病性信心的實驗和統(tǒng)計學方法開發(fā)出來，并且采用更加嚴格的方法來定義臨床協(xié)會在信心方面的期望，將更充分地說明術語和可能性。使用新術語可能需要協(xié)會的教育。鼓勵專業(yè)協(xié)會對所有實驗室和保健提供者進行教育，使用這些術語，并鼓勵實驗室直接教育其對應醫(yī)師。命名方法推薦通過一組標準化標準通知的統(tǒng)一命名法，以確保明確指定突變，并能夠有效共享和下游使用基因組信息。 標準基因變異命名法（）由人類基因組變異學會（HGVS）7維護和版本化，其使用被推薦作為確定變異命名法的主要準則，除非另有說明。6 實驗室應注意檢測中使用的版本。 工具軟件可用于提供正確的HGVS術語，用于描述突變（）.8。臨床報告應包括序列參考，以確保在DNA水平上對突變進行明確的命名，以及提供編碼蛋白質(zhì)命名法以協(xié)助功能性解釋（例如，“g.”，用于基因組序列，“c.”，用于編碼DNA序列，“p.”用于蛋白質(zhì)，“m.”用于線粒體）。應使用ATG翻譯起始密碼子的“A”作為位置號1來描述編碼術語。如果使用歷史替代命名法，則應使用當前命名法以及歷史命名的附加符號。 參考序列應該是完整的，并且來自國家生物技術信息中心RefSeq數(shù)據(jù)庫（)9，其版本號或Locus參考基因組數(shù)據(jù)庫（： // ）.10?；蚪M坐標或一個涵蓋整個基因的基因組參考序列(包括539。和339。未翻譯的區(qū)域和啟動子)應該根據(jù)標準的基因組構建來使用和定義(例如:hg19) 。在描述編碼突變時，應在報告中使用并提供每個基因的參考文獻。轉(zhuǎn)錄應代表最長的已知記錄和/或最臨床相關的記錄。學會支持的參考文獻通?？梢酝ㄟ^Locus Reference Genomic10， Consensus CDS數(shù)據(jù)庫，11人基因突變數(shù)據(jù)庫（：//。），ClinVar（：//。 ）或軌跡特異性數(shù)據(jù)庫查詢。 然而，實驗室應該評估突變對所有臨床相關轉(zhuǎn)錄物的影響，包括在這些區(qū)域中已知的突變在臨床上可解釋時含有額外的外顯子或擴展的非翻譯區(qū)的替代轉(zhuǎn)錄物。并非所有類型的突變（例如，復雜突變）都被HGVS建議所涵蓋，,12。此外，該ACMG建議支持HGVS命名規(guī)則的三個具體例外：（i） 除了目前的HGVS“*”和“Ter”建議之外，“X”仍然被認為可以用于報告無義突變。 （ii）建議根據(jù)用于指定突變的選定參考文獻編號外顯子。 和（iii）推薦使用術語“致病性”而不是“影響功能”，因為臨床解釋通常直接評估致病性。文獻資料庫的使用大量數(shù)據(jù)庫包含在人類基因組中不斷發(fā)現(xiàn)的越來越多的突變。 在分類和報告突